O Cacerense foi fundado em 10 de Julho de 1997. Tendo como histórico o antigo time do Cáceres Futebol Clube, apelidado de Crocodilo do Pantanal.
Sua renovação deve-se à um esforço conjunto de sociedade, empresários locais e jogadores, dispostos a reeditar as épocas de vitórias do Cacerense. A "Fera da Fronteira", como é denominado por seus torcedores, conquistou, no ano de 2006, pela primeira vez um título em sua história, sagrando-se campeão da Copa Governador com apenas uma derrota.
Em 2007 a boa fase continua, e o time conseguiu de maneira inédita o título de Campeão Estadual.
